En el territorio de Pilón la Flora y la Fauna son muy variadas debido fundamentalmente al clima local seco que predomina y la ubicación geográfica que es afectad por fuertes vientos e intensas sequías, fundamentalmente por los vientos alisios en sus tres etapas y el efecto de los vientos del norte, llamados fohens que son devastadores cuando azotan con rachas de más de 8 km por horas.
En su geografía predominan montañas, ríos y mar, con una amplia extensión boscosa, en ella encontramos gran variedad de la fauna con que cuenta el país. La misma está compuesta por reptiles, aves y mamíferos. Algunos de los ejemplares que representan la fauna endémica de Cuba y que aparecen en Pilón son:
La Cotorra o Amazona leucocephala, es una subespecie de ave endémica de Cuba. Existen en las islas Bahamas y las Caimán tres subespecies más. Es fácil de domesticar e imita la voz humana, por lo que es muy apreciada en los hogares.
Su tamaño aproximado es de 30,5 centímetros y su plumaje es de gran belleza. Están en peligro de extinción, aunque su población ha aumentado en los últimos años.
Choncholí, y responde al nombre científico de Dives atroviolaceus. Vive en las arboledas, a orillas de los bosques, e incluso hasta en las ciudades. Esta ave es endémica de la isla. Vuela en grandes bandadas y suele atacar las siembras de arroz, donde ocasiona grandes estragos. Su color es negro lustroso; las alas tienen un tinte ligeramente verdoso; la cola es recta un poco arqueada en el extremo. El pico y las patas son negros. El macho es mayor que la hembra.
Del sonido que emite proviene su nombre: to-tí. Suele alimentarse de forma muy variada: come semillas silvestres, fruticas, maíz, millo y arroz. Se ha observado por algunos Ornitólogos que también suele ingerir plátano maduro, insectos, pequeñas lagartijas y donde hay reses come sus garrapatas.
El tomeguín del pinar es la más común de las aves endémicas cubanas que pueden vivir en cautiverio donde incluso se reproducen.
Tiaris canora se denomina científicamente a este pájaro de siete u ocho centímetros, collar amarillo bordeado en negro en llamativo contraste con su cuerpo verde olivo, y de comportamiento muy familiar en campos y cañaverales que frecuenta. Las partes superiores de su cuerpo son olivadas, las inferiores de color pardo ceniciento con el pecho casi negro. La hembra tiene el collarín amarillo menos desarrollado.
El trinar del tomeguín es atrayente, y cantar le resulta fácil pues imita con suma docilidad las inflexiones de voz que se le repiten. En libertad construye nidos globosos, con entrada lateral, compuestos por raicillas, lana vegetal, pelos y hojas secas, y lo forra interiormente con materiales suaves. El tomeguín del pinar está en peligro de extinción.
Las polimitas han sido catalogadas por muchos científicos una de las especies más hermosas de la fauna mundial. Su importancia para el equilibrio ecológico se explica si valoramos que sirve de alimento al gavilán cagüarero, único en esta zona del país.
Para los Piloneros, amantes y orgullosos de su naturaleza, las polimitas son mucho más de lo que ven en ellas los estudiosos del tema. Se erigen como símbolo natural y cultural de la región oriental de Cuba, única región del planeta donde encuentran hábitat estos bellos moluscos.
Colaptes fernandinae, carpintero de la tierra o carpintero churroso especie de ave endémica de Cuba. Pertenece a la familia Picidae del orden Piciformes. Sólo esta presente en la Isla de Cuba en la Sierra del Rosario, en las cercanías de la Península de Zapata, algunas zonas de las provincias de Villa Clara, Camagüey, Holguín y Granma.
Es un carpintero que se ve raramente. Habita en las orillas de bosques abiertos con palmas y en sabanas y ciénagas. Miden los machos unos 34 cm de largo, 49 cm de envergadura de alas y 12 cm de cola. Las hembras miden unos 32,5 cm de largo, 48 cm de envergadura y 11 cm de cola.
El lagarto Leiocephalus carinatus, es otra variedad de reptil endémico de Cuba. Este género tiene siete especies con unas 26 subespecies en toda la isla. También conocida como iguanita de rabo enroscado, o perrito de costa, es muy abundante en todas las zonas litorales del país donde vive en pequeñas cuevas entre las piedras.
Su característica más sobresaliente es su manera de correr con la cola enroscada hacia arriba. Es un sólido lagarto que puede alcanzar hasta 20 centímetros de largo. Su alimento preferido son las hormigas.
La Cyclura nubila o iguana, es la especie mayor de la familia de los lagartos iguánidos en Cuba. Puede medir hasta 1,85 metros de longitud, es de color oliváceo oscuro y no posee mimetismo (cambio de coloración) como las lagartijas. Posee una cresta dorsal formada por espinas aplastadas. Es un animal pacífico y robusto con una boca roja muy grande.
Este reptil, endémico de Cuba, habita en lugares pedregosos, próximos a las costas y en los cayos de las provincias centrales del archipiélago cubano, también en los manglares donde tiene una variada dieta herbívora e incluso insectos y otros alimentos de origen animal.
La Carta cuba es una pequeña avecilla, conocida por este nombre en las regiones orientales, es una de las especies endémicas cubanas, común en todo el territorio nacional. Vive y anida en barrancos boscosos, donde a menudo se puede localizar el tocororo. Recibe el nombre científico de Todus multicolor.
Además encontramos otras especies, dentro de las que se destacan:
- Iguana Cubana
- Majá de Santamaría
- Manatí
- Jutía Conga
- Jutía andarás
- Jutía Carabalí
Debemos destacar que es abundante la cantidad de especies de mariposa diurnas que embellecen la vertiente sur.
De la Flora se destacan:
- Aguacate Cimarrón
- Melocactus Nagyi
- Ébamo Real
- Curbana
- Guayacán Negro
El ecosistema costero está compuesto por cuatro (4) especies de mangles:
- Mangle Rojo
- Mangle Negro
- Mangle Patabán
- Mangle Yana
En la localidad existe la empresa de Flora y Fauna que se dedica al estudio y protección de los recursos naturales con la reserva ecológica de "El Macío" que se dedica a la conservación de las especies en peligro de extinción y varios proyectos de conservación destacando además que Pilón se encuentra inmerso en la tarea vida para enfrentar el cambio climático.
